Fille de l'esprit de tolérance du siècle des Lumières, la Loge Des Trois Temples avait, dès son origine en 1788, pratiqué le respect absolu de la liberté de conscience en acceptant parmi ses membres des hommes issus des milieux chrétiens, protestants et hébraïques.
C'est pour cette raison que son signe distinctif se réfère aux trois temples existant à l'époque dans la région lémanique.
Installée avec son Temple dans la cité de Carouge, à l'époque située sur le territoire du Royaume de Sardaigne, elle avait bénéficié, pour son installation, de l'esprit d'ouverture du Roi Victor Amé ; celui-ci avait également accordé aux Juifs une parcelle de terrain pour qu'ils puissent y enterrer leurs défunts et qui deviendra le cimetière juif de Carouge. L'intention du Monarque était de faire de Carouge une cité de la tolérance face à l'intolérante République de Genève.
Affiliée dès 1790 au Grand Orient de France, la Loge a connu la cité de Carouge sarde, française et finalement suisse. Elle a été membre du Temple Unique, pour entrer par la suite dans une longue mise en sommeil jusqu'en 1986 où elle fut rallumée en juin par 18 FF∴ provenant de diverses Loges genevoises. Elle est néanmoins une Loge plus que bi-centenaire.
Membre du Grand Orient de Suisse depuis 1989, la Loge Des Trois Temples perpétue la tradition de Tolérance en acceptant parmi ses membres des hommes libres et de bonnes mœurs appartenant à des milieux socioculturels très différents ; Elle continue ainsi sa vocation du respect absolu de la liberté de conscience telle que l'avait définie les FF∴ fondateurs au XVIIIe siècle. Exclusivement masculine, travaillant au rite REAA, les membres de la Loge font, occasionnellement, un travail commun avec les membres d'une Loge féminine. C'est aussi cela la tolérance.
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